实验目的:本实验旨在对全基因组DNA样品进行均一性片段化处理,以获取200-500bp范围内的DNA片段。
实验仪器及材料:
1. 实验仪器
本次实验选用了以下三款非接触打断仪器:
- 小美超声-高通量声波基因组剪切仪
- bioruptor-非接触式超声破碎仪
- 小美超声-聚能式超声波DNA打断仪
2. 实验材料
使用的全基因组DNA溶液浓度为160ng/μL。
实验步骤:
- 提前15分钟启动三款仪器的冷水机,将温度设置为4℃。
- 在每个爱思进品牌的15mLEP管中加入100μL浓度为160ng/μL的全基因组DNA溶液。
- 将装好样品的15mLEP管分别放入三款仪器的适配器中,其他空余的孔位用加同样体积水的15mLEP管补齐。
- 程序设置:温度4℃,超声工作时间20s,间隔时间10s,总时长为15分钟和20分钟,两组条件进行对比。
- 程序结束后,取出样品并使用毛细管电泳进行基因组片段化检测。
实验结果:
1. 小美超声-高通量声波基因组剪切仪
- 程序设置:温度4℃,工作时间20s,间隔时间10s,总时长15分钟,平均片段大小为3100bp。
- 程序设置:温度4℃,工作时间20s,间隔时间10s,总时长20分钟,平均片段大小为3001bp。
2. bioruptor-非接触式超声破碎仪
- 程序设置:温度4℃,工作时间20s,间隔时间10s,总时长15分钟,平均片段大小为4329bp。
- 程序设置:温度4℃,工作时间20s,间隔时间10s,总时长20分钟,平均片段大小为4058bp。
3. 小美超声-聚能式超声波DNA打断仪
- 程序设置:温度4℃,工作时间20s,间隔时间10s,总时长15分钟,平均片段大小为3655bp。
- 程序设置:温度4℃,工作时间20s,间隔时间10s,总时长20分钟,平均片段大小为3881bp。
实验结果汇总:根据检测结果,当基因组片段在200-500bp区间的占比越高,峰图越平缓,说明基因组片段的均一性更好。相同的样品和程序设定条件下,bioruptor的非接触式超声破碎仪和小美超声的聚能式超声波DNA打断仪在200-500bp区间的占比分别达到583%和654%,两者的峰图呈陡坡状,显示出基因组片段化均一性较差。而小美超声的高通量声波基因组剪切仪在同一区间的占比达到647%,且其峰图平缓,表明其基因组片段均一性较好。
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